Am 27. August 1743 schließt der Rat der Stadt Naumburg mit Zacharias
Hildebrandt, Leipzig, den Kontrakt über den Bau einer neuen Orgel mit
52 Stimmen in das vorhandene Gehäuse der Orgel von Zacharias
Thayßner (1696 1705 erbaut) ab. Vorher war von Johann Sebastian Bach
ein Gutachten zur Orgel eingeholt worden, „welches auch gütigst vor
genehm“ gehalten wurde. Man kann also mit Gewissheit annehmen, dass
Bach bei der Aufstellung der Disposition beratend und anregend zur Seite
gestanden hat, und dass dieses Werk seiner Vorstellung von einer
schönen und großen Orgel entsprochen hat. Am 27. September 1746
nehmen Johann Sebastian Bach und Gottfried Silbermann die Prüfung der
fertigen Orgel vor und bescheinigen Hildebrandt gute Arbeit.
1748 wird Johann Christian Altnikol, Bachs Schwiegersohn, Organist an
der Hildebrandt-Orgel.

1834 erfolgt eine leichte Dispositionsänderung durch den Naumburger
Orgelbauer Friedrich Beyer im Zeitgeschmack.

1864 setzt Friedrich Ladegast, Weißenfels, die Orgel instand und ändert
auch die Disposition.

1917 entfernt Oskar Ladegast die Windladen des Oberwerks und setzt
dafür Kegelladen ein.

1932/33 wird die Orgel von der Fa. Walcker, Ludwigsburg einschneidend
umgebaut.

1964 nimmt die Fa. Eule, Bautzen, eine klangliche Annäherung an den
Hildebrandt-Zustand vor.

1992 findet in Naumburg ein Internationales Symposium zu Vergangenheit,
Gegenwart und Zukunft der Hildebrandt-Orgel statt. Das eindeutige Votum
zur kompromisslosen Restaurierung der Orgel öffnet der Weg zu den 1993
bis 2000 ausgeführten Restaurierungs- und Rekonstruktionsarbeiten,
ausgeführt wiederum von Hermann Eule Orgelbau Bautzen.